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12月1日讲座预告:基因组结构变异在番茄育种中的作用

时间:2021-11-29 来源:园艺学院

报告人:王昕博士

报告题目:基因组结构变异在番茄育种中的作用

报告时间:2021年12月1日14:30

报告地点:生物楼 N306

报告人简介:王昕,博士。2016年毕业于华中农业大学获得博士学位。自2016年9月至2021年9月,在康奈尔大学Boyce Thompson Institute进行博士后研究。主要研究方向为生物信息学与植物基因组学,以园艺植物为模式,将基因组学、群体遗传学、进化生物学及计算生物学等多个前沿学科有机结合,开晨了创新性研究。在国际期刊上发表论文17篇,学术引用678次。其中以第一作者(含共同)在Nature Genetics,Nature Communications,NewPhytologist,Plant Biotechnology Journal,Plant Physiology 及 HorticultureResearch等期刊上发表论文7篇。

报告摘要:基因组结构变异(SV, Structural Variation)主要指基因组中比较大段的序列变化,包括大片段的插入缺失,倒位,易位等。二代测序技术已经被广泛的用于单核酸多态性(SNP)的研究,但是因为短序列测序技术的限制,我们对SV的鉴定及其在群体中的研究比较匮乏。为了深入研究番茄驯化和改良过程中SV的动态变化,我们利用三代测序技术(PacBio)和高通量染色体构象捕获技术(Hi-G)构建了野生醋栗番茄的高质量参考基因组,并通过与裁培番茄基因组比较鉴定了两者之间的SV。通过开发SV基因型的鉴定流程,将已获得的SV在约600份番茄重测序中的基因型进行了准确的鉴定,揭示了番茄驯化改良过程中SV的动态变化,并发现了番茄红素在育种过程中降低的分子机理。首次在番茄中将SV与表达QTL(eQTL)相结合,发现了多个与果实品质性状调控密切相关的主调控因子,为研究番茄的调控网络提供了重要的资源。

组织单位:农业生物学大数据研究院/9159金沙游艺场园艺学院

联系人:徐奎鹏 13668846531

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作者:赵健 单位审核人:隋成竹 编辑:曲天泽 林玉娟 杜昭    阅读:0
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